|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Dlouhodobé sledování hladin ctDNA u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem pro včasný záchyt progrese či rekurence onemocnění
Kopalová, Dominika ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Kološtová, Katarína (oponent)
Cirkulující nádorová DNA (ctDNA) v periferní krvi pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem se jeví jako velmi slibný molekulárně-genetický marker, který poskytuje několik možných využití. Hladiny ctDNA kolísají v závislosti na přítomnosti a objemu nádorové masy (tumor burden) v těle pacienta, čehož se dá využít především pro včasný záchyt možné progrese, či rekurence onemocnění a při zhodnocení radikality operace, a to vše v rámci dlouhodobého sledování pacienta po operaci (tzv. follow-up). Díky minimální invazivitě vyšetření přítomnosti ctDNA z periferní krve (tzv. tekuté biopsie) je umožněno jeho opakované provádění v relativně krátkých časových intervalech. Z důvodu velmi nízkého zastoupení ctDNA v celkové volné DNA (cfDNA) v řádech jednotek až setin procent je stěžejním faktorem optimální metodika od izolace po dostatečně citlivou technologii detekce. V této diplomové práci se zabývám optimalizací izolačního procesu a analýzou ctDNA z nádorové tkáně a plazmy vybraných pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem v souvislosti s radikalitou operace a korelací s klinickým stavem pacienta.
|
|
|
Cirkulující nádorová DNA u pacientů s pokročilým kolorektálním karcinomem
Kopalová, Dominika ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je celosvětově jedno z nejčastějších nádorových onemocnění. U přibližně 50 % pacientů je diagnostikován v pokročilém stádiu, kdy i po odstranění všech nádorových ložisek hrozí vysoké riziko jejich návratu, což výrazně zhoršuje prognózu těchto pacientů. CRC, stejně jako většina ostatních solidních nádorů, uvolňuje do krevního oběhu fragmenty DNA tzv. cirkulující nádorovou DNA (ctDNA). Vyšetření ctDNA je novým nástrojem pro průběžné monitorování aktuální nádorové masy a pro sledování reakce na léčbu. Díky jeho minimální invazivitě a vysoké specificitě je např. vhodný k dlouhodobému pooperačnímu sledování pacientů s CRC, v rámci kterého lze zhodnotit radikalitu operace a časně zachytit nová nádorová ložiska. V této práci se zaměřuji na původ a mechanismus uvolňování ctDNA do krevního řečiště, její vlastnosti a možnosti klinického využití u pacientů s pokročilým kolorektálním karcinomem. Klíčová slova: cirkulující nádorová DNA, ctDNA, pokročilý kolorektální karcinom, mCRC, marker
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Vývoj a validace nové metodiky pro obohacení a detekci cirkulující nádorové DNA u onkologických pacientů
Pláničková, Lenka ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v celosvětovém měřítku jednou z nejčastějších příčin úmrtí, přičemž prognóza je obecně lepší, pokud je onemocnění diagnostikováno a léčeno včas. Protinádorová léčba je postupně posouvána od klasické chemoterapie s omezenou účinností a známými negativními vedlejšími účinky směrem k cílené biologické léčbě, která se používá, jsou-li zjištěny specifické genetické mutace. Součástí léčby nádorového onemocnění je také detekce následné progrese založená zejména na sledování nádorových biomarkerů. V současné době je stále více zkoumána možnost vyšetřování molekulárních markerů metodou tzv. tekuté biopsie, na kterou byla tato práce zaměřena. Hlavním cílem práce byl experimentální vývoj a validace metody záchytu ctDNA ze vzorků krevní plazmy na základě detekce vybraných somatických mutací. Vývoj a optimalizace systému založeného na principu denaturační kapilární elektroforézy probíhaly na vzorcích pozitivních na mutace onkogenu KRAS, následně byla provedena klinická část výzkumu na pilotním souboru 21 vzorků krevní plazmy. Na závěr práce byla metoda optimalizována pro detekci markerů BRAF a EGFR. Dílčím cílem práce bylo ověření klinické využitelnosti zvýšením citlivosti detekce a tím i podílu záchytu pacientů v pokročilém stádiu onemocnění. Výsledky práce naznačují možnost využití...
|
host ::
RSS.